Muzejska knjižnica je sastavni dio Muzeja od samog početka (1893. god.). Nakon nekoliko seljenja, svoj konačni prostor je dobila 1976. g. izgradnjom sadašnje monumentalne i reprezentativne zgrade po projektu arhitekta Mladena Kauzlarića. Knjižnica se prostire na 200 m2 površine sjevernim i istočnim dijelom prizemlja zgrade. Funkcionalno je povezana i sastoji se od dviju radnih prostorija za djelatnike, čitaonice sa 6 korisničkih mjesta, skladišta i arhiva.

Knjižnica, najvećim dijelom, sadrži publikacije čija se tematika odnosi na arheologiju, srednjovjekovnu hrvatsku i europsku povijest, povijest umjetnosti, arhitekturu, numizmatiku, epigrafiku i drugo.

Fond knjižnice čini preko 10600 naslova monografskih publikacija, 650 naslova periodičnih publikacija, hemeroteka, zbirka plakata i drugi sitni knjižnični materijal. Od izdvojenih zbirki ima: Zbirku pergamena, Zbirku starih knjiga (od 16. st.-18. st. 120 primjeraka) i knjige pristigle donacijom obitelji Stjepana i Zlatka Gunjače pod nazivom Donacija Gunjača (G-784 primjeraka). Računalno je obrađen u programu METELWIN te je preko aktivnog linka dostupan korisnicima za pretraživanje.